Despues de muchos intentos de correr un script php automaticamente encontre la mejor manera de hacerlo, generar un exe y correr esa aplicacion cuando la necesite.
Para esto necesitamos un programa llamado Bambalam (descarga). El modo de uso es facil se ejecuta en linea de comandos de la siguiente manera:
bamcompile [-options] infile.php [outfile.exe]
bamcompile [-options] project_directory mainfile.php [outfile.exe]
bamcompile projectfile.bcp